Quyết định số 18/1999/QD-BNN/TCCB do Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn ban hành, bổ sung nhiệm vụ cho Trung tâm Nghiên cứu Kiểm nghiệm Cà phê. Quyết định giao thêm nhiệm vụ nhằm phục vụ quản lý nhà nước về chất lượng cà phê và tiêu chuẩn kỹ thuật, thực hiện nghiên cứu, kiểm nghiệm, tư vấn, chuyển giao công nghệ và đào tạo liên quan tới sản xuất, chế biến và bảo đảm chất lượng cà phê. Trung tâm được giao thực hiện nghiên cứu ứng dụng và thí nghiệm để cải tiến giống, kỹ thuật canh tác, chế biến sau thu hoạch và kiểm soát chất lượng; thực hiện kiểm nghiệm, chứng nhận chất lượng…