Một hệ thống đê dày đặc đã được xây dựng ở các vùng lũ thượng nguồn của Đồng bằng sông Cửu Long của Việt Nam, cho phép sản xuất lúa quy mô lớn dựa trên các ô đồng phân khoang và quản lý nguồn nước tối ưu. Canh tác thâm canh đã giúp nông dân tăng đáng kể năng suất lúa và bổ sung vào vựa lương thực quốc gia. Tuy nhiên, các công trình kiểm soát lũ đã làm suy yếu khả năng giữ nước, làm giảm thiểu các lợi ích đa dạng của nước lũ cho hệ sinh thái vùng đồng bằng. Các tác động có cả nội tại và ngoại sinh đối với canh tác. Tác động nội tại tiêu cực là các yêu cầu đầu tư lớn và chi phí canh tác cao hơn. Ngoại tác tiêu cực bao gồm thiệt hại lũ lụt tăng, dòng chảy phù sa giảm, xâm nhập mặn và xói lở bờ sông. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá tác động của ba kịch bản hệ thống đê–nông nghiệp đối với tính bền vững ở cấp đồng bằng, xem xét cả tác động nội tại và ngoại sinh. Chi phí trực tiếp và gián tiếp được ước lượng bằng các phương pháp luận khác nhau và tài liệu tham khảo. Kết quả cho thấy việc phát triển đê cao rộng rãi trên các vùng lũ là lựa chọn ít kinh tế nhất và có rủi ro sinh thái cao nhất. Trong kịch bản này, việc xây dựng đê cao tăng tốc đòi hỏi chi phí cao hơn 136% so với tình huống được đại diện bởi năm cơ sở 2011. Các ngoại tác trong kịch bản này góp phần làm tăng thiệt hại kinh tế trong cả nuôi trồng thủy sản lẫn nông nghiệp. Kịch bản chuyển đổi từ hệ thống đê cao sang đê thấp cho thấy chi phí quản lý nguồn nước thấp hơn kết hợp với tác động môi trường ít hơn và khả năng khai thác lợi ích nước lũ lớn hơn. Kết quả của chúng tôi cung cấp thông tin đầu vào hữu ích cho các nhà hoạch định chính sách khi xem xét các hậu quả kinh tế ngoài ý muốn của các chiến lược quản lý nguồn nước hiện có. Chúng hỗ trợ chuyển đổi sang hệ thống canh tác đê thấp để có một vùng đồng bằng bền vững hơn.