Nhiều vùng lũ rộng lớn của Đồng bằng sông Cửu Long của Việt Nam (ĐBSCL) được bảo vệ bởi đê cao để tạo điều kiện cho ba vụ lúa mỗi năm. Trong khi điều này đã làm tăng sản xuất lúa, có bằng chứng cho thấy hệ thống thâm canh lúa ba vụ có tác động tiêu cực dài hạn, cả về môi trường lẫn kinh tế. Thâm canh lúa hai vụ, hoặc các phương án thay thế khác, có thể có lợi thế hơn. Chúng tôi phân tích chi phí và lợi ích của các hệ thống lúa thâm canh theo thời gian và so sánh với các hệ thống canh tác thay thế, dựa trên dữ liệu thu thập qua khảo sát thực địa và phỏng vấn nông dân ở hai tỉnh tại ĐBSCL. Kết quả cho thấy nông dân ở các vùng có đê đủ cao cho sản xuất lúa ba vụ phải chịu chi phí sản xuất tăng theo thời gian. Chi phí sản xuất cao hơn 58%–91% ở các vùng đê cao, thâm canh ba vụ, so với các vùng thâm canh lúa hai vụ đê thấp. Chi phí sản xuất cao hơn chủ yếu là kết quả của việc tăng sử dụng phân bón và thuốc trừ sâu. Khả năng sinh lời của hệ thống canh tác lúa ba vụ ban đầu cao hơn 57% so với hệ thống hai vụ. Tuy nhiên, sau khoảng 15 năm, nông dân lúa ba vụ chỉ kiếm được nhiều hơn 6% so với người trồng lúa hai vụ. Kết quả của chúng tôi cho thấy các hệ thống canh tác thay thế, chẳng hạn như lúa kết hợp với rau, thủy sản hoặc sinh kế dựa trên lũ khác, có thể mang lại lợi ích lớn hơn so với độc canh lúa thâm canh. Điều quan trọng là những lợi ích cao hơn này có thể đạt được mà không phải chịu các chi phí và tác động môi trường hiện đang phải gánh chịu trên khắp vùng đồng bằng với canh tác lúa ba vụ trong đê cao.